Das Dorf hat eine strategisch äusserst günstige Lage. Von hier aus sind St. Moritz, Davos, Chur, Livigno, das Nord- und das Südtirol gut zu erreichen. Ein Grossteil des Gemeindegebiets gehört zum Schweizerischen Nationalpark.

Zernez liegt an der Grenze zwischen Ober- und Unterengadin, am Eingang des Schweizerischen Nationalparks, des wichtigsten Naturreservats des Landes. Hier liegt das moderne Nationalparkzentrum, ausserdem gibt es ein Hallenbad und ein beheiztes Freibad. 

Das Dorf befindet sich im Dreiländereck Schweiz-Italien-Österreich. Es ist ein idealer Ausgangspunkt für Entdeckungstouren ins herrliche Engadin.